Vaikų globos namų Kupiškyje steigimo idėja 1995 metais kilo tuometiniam Kupiškio Kristaus Žengimo į dangų bažnyčios kunigui vikarui Virgilijui Liuimai. Jo iniciatyva ir pastangomis už Olandijos labdaros fondų, Vokietijos katalikiškos organizacijos „Renovabis“, ,, Lietuvos dukterų“ draugijos iš Los Andželo, Lietuvos ,,Caritas“ suaukotas lėšas, Paketurių kaime, rekonstruotame vaikų darželio pastate, 1996 m. rugsėjo 2 dieną, Kupiškio rajono mero potvarkiu Nr. 333, buvo įsteigti vaikų globos namai, pavadinti Lietuvos globėjo – Šventojo Kazimiero vardu. Nevyriausybinių vaikų globos namų steigėjas buvo Panevėžio vyskupijos Kupiškio dekanato „Caritas“, kuris 1996 m. rugsėjo 2 dieną su Kupiškio rajono savivaldybe pasirašė Jungtinės veiklos sutartį, įsipareigodamas užtikrinti vaikų globos namų veiklą. Kupiškio rajono savivaldybė įsipareigojo skirti dotaciją vaikų globos namų išlaikymui.
Kupiškio rajono šv. Kazimiero vaikų globos namai iškilmingai atidaryti 1996 m. rugsėjo 25 dieną. Globos namus pašventino Jo Ekscelencija Panevėžio vyskupas J. Preikšas. Vaikų globos namų direktore paskirta Danutė Bukinienė. Vaikų namuose gyveno 22 vaikai, dirbo 16 darbuotojų. Vaikų globos namų išlaikymui pinigines lėšas ar drabužius, baldus, kitą inventorių aukojo Prancūzijos L‘Arafal fondas, Norvegijos Rotary klubai, verslininkai, ūkininkai ir pavieniai geros valios žmonės.
Nuolat didėjant išlaidoms vaikų globos namų išlaikymui, Kupiškio dekanato „Caritas“ negalėdamas vykdyti savo įsipareigojimų, 2008 m. lapkričio mėn. Kupiškio rajono savivaldybės administracijai pranešė, kad stabdo savo veiklą. Todėl 2008 m. lapkričio 20 dieną Kupiškio rajono savivaldybės taryba nusprendžia steigti biudžetinę įstaigą Kupiškio rajono Šv. Kazimiero vaikų globos namai ir savo sprendimu Nr. TS – 308 patvirtina įstaigos nuostatus ( Kupiškio rajono savivaldybės tarybos 2009 m. gegužės 28 d. sprendimu Nr. TS – 165 nauja redakcija ). 2008 m. gruodžio 16 d. įstaiga užregistruojama juridinių asmenų registre.
2010 m. rugsėjo mėn. 23 d. vaikų globos namų direktoriumi paskiriamas Petras Remeikis. 2011 m. rugpjūčio mėn. 3 d. teikiama paraiška Lietuvos Respublikos socialinės apsaugos ir darbo ministerijai dėl vaikų globos namų pastato renovavimo. 2011 m. spalio mėn. 11 d. Socialinės apsaugos ir darbo ministras, įsakymu Nr. A1-447, skiria finansavimą projekto ,,Kupiškio rajono Šv. Kazimiero vaikų globos namų infrastruktūros modernizavimas“ įgyvendinimui. Projektas pradedamas įgyvendinti 2013 metais. 2015 m. balandžio mėn. 10 d. projektas baigtas įgyvendinti.
2017 m. rugsėjo mėn. įstaigai pradeda vadovauti šviesios atminties direktorius Vytautas Koženiauskas. Vykdant institucinės globos pertvarką, 2018 m. gegužės 21 d. Vaikų globos namams Socialinių paslaugų priežiūros departamento prie Socialinės apsaugos ir darbo ministerijos suteikta licencija Nr. L000000771 socialinei globai teikti bendruomeniniuose vaikų globos namuose. Įkurti bendruomeniniai vaikų globos namai adresu: Melioratorių g. 8A-3, Noriūnai, Kupiškio rajonas. 2018 m. lapkričio mėn. 27 d. Socialinių paslaugų priežiūros departamento prie Socialinės apsaugos ir darbo ministerijos licencija Nr. 000000771 papildyta, įkurti bendruomeniniai vaikų globos namai adresu: K. Šimonio g. 6-22, Kupiškis.
Kupiškio rajono savivaldybės tarybos 2019 m. rugpjūčio 22 d. sprendimu Nr. TS-190 patvirtinti Kupiškio rajono šv. Kazimiero vaikų globos namų nuostatai, papildyti dėl Pagalbos šeimai centro steigimo. Padalinys Pagalbos šeimai centras pradeda veikti 2019 m. rugsėjo mėn.
Kupiškio rajono savivaldybės administracijos direktoriaus 2022 m. liepos 1 d. įsakymu Nr. ADV-505 suteikta Kupiškio rajono šv. Kazimiero vaikų globos namų padaliniui Savarankiškiems gyvenimo namams teisė teikti akredituotą socialinės priežiūros paslaugą- palydėjimo paslaugą jaunuoliams.
Nuo 2022 m. rugsėjo mėn. 1 dienos vaikų globos namams vadovauja direktorė Regina Urbanovičienė.
